نشب خلاف كبير بين الأمين والمأمون ابني الخليفة هارون الرشيد، وذلك على إثر عزل الأمين لأخيه من ولاية العهد ووضع ابنه مكانه، فأثار ذلك غيظ المأمون مما جعله يزحف ناحية بغداد، ونجح في الاستيلاء عليها وإلحاق الهزيمة بأخيه الأمين، وتحل اليوم الثلاثاء، ذكرى تولي المأمون للخلافة العباسية.
شكلت هذه المعركة بنسبة كبيرة اتجاه المأمون السياسي في خلافته، وقد يغيب عن الناس أسباب اتجاه المأمون لتسييد المذهب العقلاني "مذهب المعتزلة" على باقي المذاهب، ويظن كثير من الكتاب والمؤلفين أن المحنة التي بدأت في عهد الخليفة المأمون والمعروفة بمحنة "خلق القرآن" يرجع سببها إلى تسلط المعتزلة على الناس وإجبار الفرق المخالفة على القول بآرائهم، لكن ذلك غير صحيح لعدة أسباب، منها أن المعتزلة التي عرفت بميولها العقلانية لا يستقيم مع فكرها أن تجبر الفرق المخالفة على القول بآرائهم كرهًا وغصبًا، ولكن بإطلالة بسيطة على ما ارتكبه أهل الأثر من الحنابلة وأهل الحديث يظهر السبب الحقيقي لتلك الأزمة.
بعد وفاة هارون الرشيد، وقيام الصراع بين ابنيه على الخلافة، اصطف أهل الأثر وعلماء الحديث وراء الأمين، ربما كانت الدوافع عندهم في ذلك أن الأمين من أم عربية، بينما المأمون من أم فارسية، وجعلوا القتال بينهما بمثابة انتصار للعرب على الفرس، فأسرها لهم المأمون فى نفسه، فلما ظفر بالأمر، واستتب له الحكم، قرر امتحانهم، وكثير ممن امتحن المحدثين كان من الجهمية والضرارية وغيرهم ممن يقول بخلق القرآن، فبشر المريسى وحفص الفرد وأبو عيسى البرغوث كلها أسماء لم تكن من المعتزلة، وليست المعتزلة المدرسة الوحيدة التى تقول بأن القرآن مخلوق، وابن تيمية نفسه يقر فى «مجموع الفتاوى» إن الذين قادوا امتحان علماء الأثر ليسوا من المعتزلة بل من تيارات عقائدية أخرى.
وتقول الرواية التاريخية أن أبا معين ثمامة بن أشرس رفض مطالب الخليفة المأمون بتوليه الوزارة بعد مقتل الوزير الفضل بن سهل، فكان المأمون لا يدعه إلا إذا اقترح عليه أحد الأشخاص الجديرين بتولى المنصب، فكان أبومعين من خاصة المأمون ونديمه، كما أنه كان وراء تحول الخليفة لمذهب الاعتزال ومناصرته لدرجة تعرض ما يخالفه للمخاطرة والملاحقة.
فالمعتزلة هم من ربوا الخليفة المأمون، ومن المنطقي أن يتأثر بأقوالهم، لكنهم ليسوا مسئولين عن أفعاله في اضطهاد فرق شاركت أعداءه في الخصومة.