تعد قطر من أبرز الدول التي تسعى إلي توظيف منظماتها الإغاثية مثل صندوق قطر للتنمية ومؤسسة قطر الخيرية وهيئة الإغاثة الإسلامية عبر العالم، والمنظمة الأخيرة تعد أبرز أدوات السياسة الخارجية القطرية في العديد من المناطق حول العالم ومن أبرزها القارة الأفريقية، والتي تتماشي مع السياسات القطرية.

وكشفت دراسة لمركز فاروس للدراسات الافريقية أنه تحتفظ مؤسسة الأغاثة الإسلامية العالمية بعلاقات وطيدة مع جماعة الإخوان المصنفة إرهابيا في مصر والعديد من الدول العربية، وخلال الفترة الماضية توالت العديد من التقارير الاستخباراتية الدولية تكشف تورط المنظمة الإغاثية القطرية في دعم وتمويل أنشطة جماعة الإخوان، فتقاير ألمانية كشفت عن علاقات بين تلك المنظمة ونظيرتها القطرية مؤسسة قطر الخيرية» المتهمة بتمويل العمليات الإرهابية ودعم جماعة الإخوان مما دفع وزارة الخارجية الألمانية في إبريل 2020 إلي تجفيف أحد مصادر تمويل مؤسسة الأغاثة وهي تجميع المساعدات التي كانت تتلقاها من الحكومة الألمانية، كما أكدت العديد من التقارير الإعلامية والاستخباراتية على تلقي هيئة الإغاثة الإسلامية الدولية تمويلا دائما من مؤسسة قطر الخيرية وهو ما يشير بوضوح إلي هيمنة قطرية على إدارة هيئة الإغاثة.

وتابعت الدراسة حرصت جماعة الإخوان على توظيف أعضائها ككوادر إدارية في المنظمة منذ نشأتها وإلي اليوم فعلى سبيل المثل فرع المنظمة في غزة تديره حركة حماس، كما تولي مسئوليتها حتي عام 2013 القيادي الإخواني عصام الحداد والذي شغل منصب مساعد رئيس الجمهورية لشئون العلاقات الخارجية في عهد الرئيس الأسبق المعزول محمد مرسي.

وأوضحت الدراسة انخرطت المنظمة منذ نشأتها في تمويل العديد من التنظيمات الإرهابية مثل تنظيم القاعدة، ففي أعقاب هجمات الحادي عشر من سبتمبر تواترت معلومات عن قبلولها تبرعات من تنظيمات مرتبطة بتنظيم القاعدة وأسامة بن لادن ذاته، وتتالت الاتهامات الموجهة لمنظمة الاغاثة بدعم الجماعات الإرهابية مما حدا ببنك إتش إس بي سي البريطاني إلي انهاء جميع تعاملاته معها خشية التورط في دعم الجماعات الإرهابية.