كشفت تقارير الطب الشرعي الصادر من مصلحة الطب الشرعي الخاصة بالمجني عليهم في حادث قطار محطة مصر ان الوفاة تعزى إلى إصابتهم بحروق نارية حديثة بعضها تفحمية منتشرة بعموم الجسم وهي ناتجة من ملامسة الجسم للهب النار وتعزى الوفاة إلى تلك الحروق النارية وما صاحبها من صدمة عصبية أدت إلى الوفاة، كما ثبت من إيجابية العثور على آثار للوقود المستخدم في القاطرة "الجرار" محدث الواقعة على بعض الملابس الخاصة ببعض المجني عليهم والتي تم فحصها.
كما ثبت من خلال التقارير (الطبية) الصادرة من المستشفيات المختلفة بشأن فحص المجني عليهم من لحقتهم اصابات من أن هذه الإصابات عبارة عن حروق بالأجساد متفرقة ومتفاوتة الشدة والدرجة وبعضها كدمات وسحجات.
كما ثبت من تقرير المعمل الكيماوي إيجابية العينة المأخوذة من المتهم التاسع "محمود حمدي توفيق" للمواد المخدرة والعثور على آثار المخدر (FUB-AMB) "الإستروكس" وجوهر الحشيش المدرجين بالجدول رقم (1) من قانون المخدرات.
كما ثبت من تقرير مصلحة الطب الشرعي قسم ابحاث التزييف والتزوير أن المتهم الثامن (مصطفى عبد الحميد محمد نصار) هو الكاتب للتوقيعين المقروئين "مصطفى عبد الحميد محمد" "ومسعد رشاد على" اسفل خانة وقت التسليم بدفتر الحضور والانصراف عن يوم الأربعاء الموافق 27/2/2019، وأن المتهم الثالث (عاطف نصر يوسف محمد) هو الكاتب للتوقيعين المقروئين "مصطفى عبد الحميد" "ومسعد رشاد" أسفل خانة وقت الاستلام بدفتر الحضور والانصراف عن يوم الأربعاء الموافق 27/2/2019، كما أن المتهم (أيمن الشحات عبد العاطي سليمان) هو الكاتب للتوقيع المقروء "ايمن العدس" بالصفحة رقم (144) من دفتر توزيع السائقين ومساعديهم على القاطرات على غير الحقيقة باعتبار أن المتهم قد استلم القاطرة (2305) بخانة توقيع السائق.
كانت محكمة جنايات القاهرة المنعقدة بالعباسية قضت بمعاقبة علاء فتحي بالسجن ١٥ سنه والزامة برد ٨ ملايين جنيه و٨٠٠ الف جنيه، كما قضت بالسجن المشدد ١٠ سنوات لأيمن الشحات وعاطف نصر ومحمود فتحي، والمشدد ٧ سنوات لأيمن أحمد وسامح جرجس ويحي سعيد وعادل مصطفى ومصطفى عبد الحميد، والمشدد ٥ سنوات للسيد ابو الفتوح والمشدد ٣ سنوات لمحمود حمدي عن تهمة تعاطي المخدرات و١٠ سنوات عن باقي التهم الموجه اليه.